在选择Java与MySQL数据库的存储引擎时，需要考虑多个因素，包括事务支持、并发性能、数据完整性和存储效率等。以下是一些推荐的存储引擎及其特点：
性能对比显示，MySQL的性能在很大程度上取决于其缓冲池（IBP）的设置。在IBP充足的情况下，MySQL的性能随着并发数的增加而提升，但在IBP不足时，性能反而会下降。此外，与GreatSQL相比，MySQL的性能平均约为GreatSQL的70%，最高可达84.5%，最低为61.7%。
综上所述，选择合适的存储引擎对于优化Java与MySQL数据库的性能至关重要。根据应用的具体需求，综合考虑事务支持、并发性能、数据完整性和存储效率等因素，可以选择最适合的存储引擎。
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