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mirna数据库的查询接口有哪些

小樊
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2024-12-22 00:07:41
栏目: 大数据
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miRBase、TargetScan、miRTarBase等,都是常见的miRNA数据库及其查询接口,以下是关于它们的详细介绍:

miRBase

  • 简介:miRBase是目前最广泛使用的miRNA数据库之一,包含了全球范围内已知的miRNA序列及其注释信息。
  • 查询方式:用户可以通过其网站查找特定物种的miRNA数据,并下载需要的序列信息。

TargetScan

  • 简介:TargetScan是一个用于预测miRNA靶向基因的数据库。它使用了进化保守性和其他多项预测准则来鉴定可能与miRNA相互作用的靶向基因,并提供了相应的功能注释和预测结果。
  • 查询方式:提供了用户友好的界面,允许用户根据miRNA或基因进行查询,获取相关的靶基因信息。

miRTarBase

  • 简介:miRTarBase是一个收集和整合已验证的miRNA靶向关系的数据库。它提供了大量实验验证的miRNA-mRNA相互作用数据,并用于预测和分析靶向关系的可靠性和功能。
  • 查询方式:用户可以通过特定的检索方式,如Undirectional search、Bidirectional search或miRNA-gene matrix,灵活地查询数据库。

这些数据库为研究人员提供了一个集中获取和共享miRNA相关信息的平台,极大地促进了miRNA研究的标准化和数据共享。

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