Kafka底层存储的原理是基于分布式日志存储的方式。Kafka将消息以日志的形式存储在磁盘上，并使用索引结构来提高消息的读取效率。具体来说，Kafka将消息以topic和partition的方式组织，每个partition中的消息有一个唯一的offset来标识消息的位置。这样可以实现消息的顺序写入和顺序读取，同时保证消息的持久性和高可用性。
Kafka通过分布式commit log的方式来存储消息，每个partition都有多个副本，副本之间通过leader-follower的方式来同步数据。当消息被写入到leader副本后，follower副本会从leader副本同步消息。这样可以保证消息的可靠性，即使有副本出现故障，也能通过其他副本恢复数据。同时，Kafka还支持多副本的方式来提高消息的可用性。
总的来说，Kafka底层存储的原理是基于分布式日志存储的方式，通过topic和partition的组织方式来管理消息，并通过leader-follower机制来保证消息的可靠性和高可用性。
