小编给大家分享一下tRNAdb数据库有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!
tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列,除了基本的序列信息外,还提供了二级结构的数据。
官网链接如下
http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/
官网提供了两种检索数据的方式,第一种是物种的进化树浏览器,第二种是条件检索框。
tRNAdb提供了进化树的浏览方式,点击+
展开次级分类,从而查找某个具体的物种。
提供了多种条件检索方式,可以按照基因/序列进行筛选,也可以按照转运的氨基酸类型,甚至是按照二级结构检索,示意图如下
检索结果示意图如下
检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息,其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状, 示意图如下
在tRNAdb中,将二级结构划分成了以下几个区域
Acc-stem
氨基酸接受茎
D-stem
D茎
D-loop
D环
Ac-stem
反密码茎
Ac-loop
反密码环
V-region
可变臂
T-stem
T茎
T-loop
T环
CCA
默端用于连接氨基酸的CCA
点击眼睛图标可以查看某个tRNA二级结构,示意图如下
在检索结果页面底部,可以下载选中的tRNA序列
以上是“tRNAdb数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!
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