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tRNAdb数据库有什么用

发布时间:2022-01-17 09:55:38 来源:亿速云 阅读:185 作者:小新 栏目:大数据

小编给大家分享一下tRNAdb数据库有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列,除了基本的序列信息外,还提供了二级结构的数据。

官网链接如下

http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/

官网提供了两种检索数据的方式,第一种是物种的进化树浏览器,第二种是条件检索框。

1. 进化树浏览器

tRNAdb提供了进化树的浏览方式,点击+展开次级分类,从而查找某个具体的物种。

tRNAdb数据库有什么用

2. 条件检索框

提供了多种条件检索方式,可以按照基因/序列进行筛选,也可以按照转运的氨基酸类型,甚至是按照二级结构检索,示意图如下

tRNAdb数据库有什么用

检索结果示意图如下

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检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息,其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状, 示意图如下

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在tRNAdb中,将二级结构划分成了以下几个区域

  1. Acc-stem
    氨基酸接受茎

  2. D-stem
    D茎

  3. D-loop
    D环

  4. Ac-stem
    反密码茎

  5. Ac-loop
    反密码环

  6. V-region
    可变臂

  7. T-stem
    T茎

  8. T-loop
    T环

  9. CCA
    默端用于连接氨基酸的CCA


点击眼睛图标可以查看某个tRNA二级结构,示意图如下

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在检索结果页面底部,可以下载选中的tRNA序列

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以上是“tRNAdb数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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