这篇文章将为大家详细讲解有关plantcircbase数据库有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库,网址如下
http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php
该数据库包含了以下13个物种的环状RNA信息
Arabidopsis thaliana
Gossypium arboretum
Gossypium hirsutum
Glycine max
Gossypium raimondii
Hordeum vulgare
Oryza sativa
Poncirus trifoliata
Solanum lycopersicum
Solanum tuberosum
Triticum aestivum
Tea tree
Zea mays
收录了来自这13个物种共98317个环状RNA,利用物种对应的RNA_seq数据,采用了多款生物信息学软件进行预测,以拟南芥为例,每款软件预测的环状RNA数量如下
通过导航栏的Browse
菜单,可以浏览不同物种环状RNA的记录,示意如下
拟南芥共收录了4916个环状RNA,结果示意如下
点击环状RNA的name,可以查看详细信息,示意如下
通过导航栏的Visualize
菜单,可以通过可视化的方式查看环状RNA的结构,示意如下
除了染色体位置,来源基因,序列等基本信息外,该数据库还提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络信息,通过菜单栏的Network
菜单,可以查看特定环状RNA的调控网络,结果示意如下
关于“plantcircbase数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。
免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。