这篇文章主要介绍PlantCircNet数据库有什么用,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!
PlantCircNet数据库提供了植物相关的circRNA-miRNA-gene构成的ceRNA调控网络信息,网址如下
http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php
该数据库包含了以下8个物种的ceRNA信息
Arabidopsis thaliana
Brachypodium distachyon
Glycine max
Hordeum vulgare
Oryza sativa
Solanum lycopersicum
Triticum aestivum
Zea mays
官网包含以下几种功能
提供了多种检索方式,基本检索功能支持输入环状RNA来源基因的名字和miRNA的名称,来查询对应的ceRNA网络,示意如下
检索结果如下所示,不同形状的节点代表不同的RNA,具体的对应关系可以查看图例,点击RNA的节点可以查看该节点的详细信息
通过选择物种,可以查看对应的环状RNA信息,点击Details可以查看详细信息,示意如下
blast用于将输入的查询序列与数据库中的环状RNA序列进行比对,示意如下
提供了环状RNA对应的gtf文件和fasta序列文件,以及ceRNA列表供下载,示意如下
该数据库是第一个植物方面的ceRNA调控网络数据库,研究植物的ceRNA可以参考该数据库。
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