这篇文章主要为大家展示了“FANTOM5数据库怎么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“FANTOM5数据库怎么用”这篇文章吧。
FANTOM全称如下
Function Annotation Of The Mammalian Genome
是一项国际性的研究项目，创建于2000年，最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展，研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。
在该项目的第三个阶段，采用了CAGE-seq这一技术手段来准确研究不同转录本的转录起始位点TSS, 示意如下
CAGE技术可以区分不同转录本异构体的起始位点。建立在准确的TSS位点的基础上，进一步对启动子，增强子等转录调控区域进行研究和分析。
除了常规的蛋白编码基因和转录调控外，该项目还在lncRNA, miRNA等非编码RNA,即ncRNA领域进行了研究。相关结果和数据面向全世界开放的，可以在官网下载得到。
今天要介绍的是从该项目中得到的增强子数据，网址如下
http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/
通过Human Enhancer Selector. 可以对增强子数据进行检索，如下所示
检索结果分成了两个部分，在页面左侧可以看到增强子的基因组位置，可以下载BED和FASTA格式的文件，也可以查询对应的motif分析结果，示意如下
在页面右侧，给出了增强子的表达水平，分成了以下3个层次
cell
organ
sample
对应不同细胞，器官，样本中的表达水平，以细胞水平的表达情况为例，示意如下
通过View Overlaps菜单，可以查看增强子相关的启动子区域以及在该增强子区域内的SNP位点，示意如下
通过以上网址，可以对增强子进行在线查找和分析。对于所有增强子的信息，可以通过以下链接进行下载
提供了BED格式的区间文件供下载。
以上是“FANTOM5数据库怎么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
