这篇文章主要为大家展示了“3DIV数据库有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“3DIV数据库有什么用”这篇文章吧。
3DIV全称如下
3D-genome Interaction Viewer and databse
是一个染色质空间互作的数据库，通过该数据库可以查询与某个感兴趣的染色质区域互作的所有染色质片段信息，是一种one-to-all的查询模式
数据库网址如下
http://kobic.kr/3div/
利用GEO等公共数据库下载Hi-C原始数据进行分析，得到染色质互作信息。对于染色质区域，进一步提供了以下3种注释信息
gene annotation
gwas snp annotaion
chip singal annotation
数据库中存储的所有信息如下图所示
对于输入的特定染色质区域，首先是记录了hi-c图谱中与之互作的染色质区域，其次提供了该区域内各种组蛋白修饰的信号分布，对应的基因和位于该区域内的疾病相关的snp位点。
该数据库的查询功能分为下图所示的三个模块
该模块用于查询某段染色质区域对应的互作信息，支持输入染色质区域，基因名称，rs号3种数据格式，查询结果如下所示
输出特定样本中与查询区域存在互作的bin区域，并给出对应的距离，以及归一化前后的互作频率，后续的其他列为bin区域对应的注释信息。
该模块用于查看指定区域的hi-C图谱，结果示意如下
蓝色三角形表示拓扑关联结构域TAD, 中间部分为输入的区域与其他bin的互作频率，蓝色柱子为原始的频率，粉红色的散点为校正之后的互作频率，其中的绿色水平线是过滤的阈值，大于该阈值的两个互作染色质区域会通过最下方的曲线来连接。
该模块用于比较多个样本中染色质互作信息，结果示意如下
可以看到在vs信息栏中不同样本分别用红色和蓝色表示，而Hi-C图谱中也是对应蓝色和红色，其中蓝色区域代表该区域的互作频率在蓝色样本中高，红色区域代表该区域的互作频率在红色样本中高，下面的图的含义和模块II中相同。
通过该数据库，可以检索和查看基于hi-c数据的染色质互作信息。
以上是“3DIV数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
