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染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的

发布时间:2022-01-04 17:54:49 来源:亿速云 阅读:139 作者:柒染 栏目:大数据

本篇文章给大家分享的是有关染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的,小编觉得挺实用的,因此分享给大家学习,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获,话不多说,跟着小编一起来看看吧。

4DGenome是一个染色质相互作用数据库,采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用,收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录,网址如下

https://4dgenome.research.chop.edu/

涵盖的5个物种列表如下

  1. Homo sapiens(hg19)

  2. Mus musculus(mm9)

  3. Drosophila melanogaster(dm3)

  4. Plasmodium falciparum(3D7)

  5. Saccharomyces cerevisiae(sacCer3)


该数据库中收录的染色质互作信息来源于以下多种技术手段

  1. 3C

  2. 4C

  3. 5C

  4. Capture-C

  5. ChIA-PET

  6. Hi-C

  7. IM-PET


不同物种和不同技术手段对应的数量显示如下

染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的

输入基因组区域或者基因名称,都可以检索相关信息,检索框示意如下

染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的

检索结果如下所示

染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的

点击Details可以查看详细的互作信息,InteractorA和InteractorB给出了互作的两个染色质区域的位置信息,Agene和Bgene表示与互作区域存在overlap的基因名称, Contact Frequency表示互作频率,LInk链接的是pubmed数据库,可以查看对应的具体文献。

通过该数据库,可以检索多个物种的染色质互作信息。

以上就是染色质相互作用数据库4DGenome是怎样的,小编相信有部分知识点可能是我们日常工作会见到或用到的。希望你能通过这篇文章学到更多知识。更多详情敬请关注亿速云行业资讯频道。

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