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基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

发布时间:2021-12-23 17:21:34 来源:亿速云 阅读:101 作者:柒染 栏目:大数据

这期内容当中小编将会给大家带来有关基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的,文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述,阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

SurvNet是一种基于网络的算法,用于识别与患者生存状态相关的biomarker, 

如下图所示,该软件需要提供3个输入文件

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

1. network

networ表示的是基因间的网络,可以是相互作用网络, 调控网络等,文件内容示意如下

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

\t分隔的两列,每一行代表具有相互作用的两个基因。

2.  expression

expression表示的是基因在样本中的表达量,文件内容示意如下

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

3.  survival

survival代表样本的生存状态,内容如下所示

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

上述3个文件上传完成之后,直接点击Submit运行即可。结果示意如下

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

该算法是在整个网络中搜索与患者的生存状态相关的子网subnetwork, 结果按照p值进行排序,点击Graph按钮可以查看子网的结果,示意如下

基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的

SurvNet提供了一种分析生存相关biomarker的新算法,是目前唯一一个基于网络的生存相关biomaker挖掘算法,值得一试。

上述就是小编为大家分享的基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么样的了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

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