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metascape数据库富集分析
介绍:生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。
step1:粘贴基因列表或者是上传基因文件
step2:设置物种
Step3:点Express Analysis
默认的Express Analysis会把许多个数据库的信号通路混一起,出现各种冗余。比如说默认把Reactome、KEGG、Hallmark和GO数据库全部一起展示,但是一般我们科研绘图时会分别展示GO一张图,以及KEGG一张图。
因此我们会在custome Analysis里面的enrichment选项中,从下至上,选择GO相关的数据库,然后勾选pick selective,然后点击enrichment analysis
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