sankey_plot.r如何绘制桑基图

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绘制桑基图（冲击图）

使用方法:

usage: script/sankey_plot.r [-h] -i input -g group [group ...] -c color
                            [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width]

Sankey plot drawing

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input, --input input
                        input the matrix [required]
  -g group [group ...], --group group [group ...]
                        input column names of three groups [required]
  -c color, --color color
                        column to fill color [required]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default result]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 5]

参数说明：

-i    包含具有对应关系的数据

-g    输入所要绘制桑基图的三列数据的列名

-c    决定分流所填充颜色的列名

使用举例：

Rscript script/sankey_plot.r -i /share/nas1/fangs/test/m6A/TCGA-KIRC/06.m6a_score/metadata_group.tsv -g m6acluster Immune_Subtype group -c m6acluster -p demo

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