本文小编为大家详细介绍“R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用”，内容详细，步骤清晰，细节处理妥当，希望这篇“R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用”文章能帮助大家解决疑惑，下面跟着小编的思路慢慢深入，一起来学习新知识吧。
enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析
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$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list
[-d ann.db] [-t idtype]
[-s show.type]
[-O organism]
[-p pvalueCutoff]
[-q qvalueCutoff]
[-c showCategory]
[-n prefix] [-o outdir]
[-H height] [-W width]
KEGG enrich analysis : https://www.亿速云.com/article/1503
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-g gene.list, --gene.list gene.list
diff expressed gene list file, required
-d ann.db, --ann.db ann.db
org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:
https://www.亿速云.com/article/1244 [optional,
default: org.Hs.eg.db ]
-t idtype, --idtype idtype
deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME
[optional, default: SYMBOL ]
-s show.type, --show.type show.type
set example ID type name [optional, default: ENTREZID
]
-O organism, --organism organism
organism ,for more info visit:
https://www.亿速云.com/article/787 [optional,
default: hsa ]
-p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
pvalue cutoff on enrichment tests to report,
[optional, default: 0.05 ]
-q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff
qvalue cutoff on enrichment tests to report as
significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on
unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted
pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be
reported., [optional, default: 0.2 ]
-c showCategory, --showCategory showCategory
how many KEGG Category to show, [optional, default: 10
]
-n prefix, --prefix prefix
the output file prefix [optional, default: KEGG ]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
-H height, --height height
the height of pic inches [default 5]
-W width, --width width
the width of pic inches [default 7]-g 输入基因列表文件： 脚本会读取第一列基因ID作为基因集：
-d 物种注释数据库： 人的：org.Hs.eg.db
-t 指定输入基因列表的ID类型
Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \
-o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \
--idtype SYMBOL读到这里，这篇“R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用”文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注亿速云行业资讯频道。
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