R语言的enrichGO_pip.r如何使用

今天小编给大家分享一下R语言的enrichGO_pip.r如何使用的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

enrichGO_pip.R  GO富集分析

使用说明

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r  -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db]
                                                 [-t idtype] [-s show.type]
                                                 [-p pvalueCutoff]
                                                 [-q qvalueCutoff]
                                                 [-c showCategory] [-n prefix]
                                                 [-o outdir] [-H height]
                                                 [-W width]
GO enrich analysis:
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gene.list, --gene.list gene.list
                        diff expressed gene list file, required
  -d ann.db, --ann.db ann.db
                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:
                        https://www.亿速云.com/article/1244 [optional,
                        default: org.Hs.eg.db ]
  -t idtype, --idtype idtype
                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME
                        [optional, default: SYMBOL ]
  -s show.type, --show.type show.type
                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID
                        ]
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.05 ]
  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff
                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as
                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on
                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted
                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be
                        reported., [optional, default: 0.2 ]
  -c showCategory, --showCategory showCategory
                        how many GO Category to show, [optional, default: 10 ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: enrichGO ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 10]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 10]

参数说明：

-g 输入基因列表文件：  脚本会读取第一列基因ID作为基因集：

-d 物种注释数据库： 人的：org.Hs.eg.db 

-t 指定输入基因列表的ID类型

使用举例：

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \
  -o GO -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.5 --ann.db org.Hs.eg.db  \
    --idtype SYMBOL

以上就是“R语言的enrichGO_pip.r如何使用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。