R语言的immune_compare_stat.r如何使用

今天小编给大家分享一下R语言的immune_compare_stat.r如何使用的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

immune_compare_stat.r  免疫细胞表达差异比较

使用说明：

$ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r  -h
usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v
                                                           celltype
                                                           [celltype ...] -m
                                                           filepath -g group
                                                           [-b groupby]
                                                           [-o path]
                                                           [-n prefix]
t.test annova and wilcox.test: https://www.亿速云.com/article/1496
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i filepath, --input filepath
                        input alpha diversity celltype file[required]
  -v celltype [celltype ...], --celltype celltype [celltype ...]
                        which celltype to compare : "B cell" ...[required]
  -m filepath, --metadata filepath
                        input metadata file path[required]
  -g group, --group group
                        group name from metadata to test[required]
  -b groupby, --groupby groupby
                        main group name from metadata to test [default NULL]
  -o path, --outdir path
                        output file directory [default cwd]
  -n prefix, --name prefix
                        out file name prefix [default demo]

使用示例：

Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -i immu/ssgsea.res.tsv \
  -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust \
  --celltype "B cells"  "T cells" -o immu -n ssgse

以上就是“R语言的immune_compare_stat.r如何使用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。