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R语言如何在行上取数据子集

发布时间:2022-03-17 16:37:47 来源:亿速云 阅读:271 作者:iii 栏目:开发技术

本篇内容介绍了“R语言如何在行上取数据子集”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

subset_row.r  提供列表,在行上取数据子集

使用方法:

usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_row.r
       [-h] -i input -m idlist -c colname [-o outdir] [-p prefix]
get subset by ID
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input, --input input
                        input data matrix data [required]
  -m idlist, --idlist idlist
                        input idlist [required]
  -c colname, --colname colname
                        match column name in idlist and input [required]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        output file name prefix [default demo]

参数说明:

-i 输入要取子集的数据,

IDTCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31TCGA-BR-7715-11A-01R-2055-13TCGA-EQ-8122-01A-11R-2343-13TCGA-BR-7704-11A-01R-2055-13TCGA-VQ-A91Y-01A-11R-A414-31
TSPAN65.6074344.57416314.3965427.346677.3813427.0949494.6385393.431114
TNMD0.036605000.101440.0696770.0139610.0883280
DPM147.2760269.1515739.0786754.3847634.7598753.7432917.2287645.18002
SCYL32.4808831.1205444.5047552.0202542.4544892.8067471.9564082.751801
C1orf1121.9728380.6577914.0215061.7966650.868562.4898930.5683091.631315
FGR0.6403955.7056550.7682221.8972575.5282512.1286352.7079952.874438
CFH1.0057374.2310423.060052.49926317.276623.24941412.79788.515792
FUCA229.3294935.9760131.4095633.7312921.7049245.0462216.312617.08673
GCLC8.6697327.5759797.3870316.2070494.92036611.92634.3986246.320377
NFYA7.2603468.4350749.56661710.992196.499417.38717.0037426.259676


-m 指定ID列表,-c 指定 ID列表中的列名:

IDlog2FClogCPMPValueFDRregulate
FGR1.151873.5463733.56E-412.75E-39Up
CFH1.1484866.2921132.77E-255.74E-24Up
CD381.6294474.3209281.23E-283.14E-27Up
HSPB63.0133337.4689488.24E-384.57E-36Up
PDK41.058446.5365841.98E-099.88E-09Up
MEOX11.5952762.0779712.50E-361.21E-34Up
COPZ21.0160283.0431141.38E-191.85E-18Up
PRKAR2B1.5292854.0160246.52E-352.73E-33Up
ITGAL1.5956755.1187292.03E-473.33E-45Up

使用举例:

Rscript $scriptdir/subset_row.r -m ../04.deg/S1_vs_S2.edger.DEG.final.tsv -c ID \
  -i ../02.sample_select/TCGA-STAD_gene_expression_TPM.tsv -p deg_gene_exp_tpm

“R语言如何在行上取数据子集”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

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