本篇内容介绍了“qiime2怎么使用”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！
qiime2 vsearch OTU pip 整理
### 方法1. DADA2 feature table 双端合并，去除嵌合体，截去接头序列降噪生成feature table 一步完成 cd $workdir mkdir dada2 echo dada2 start date cd dada2 qiime dada2 denoise-paired \ --i-demultiplexed-seqs $workdir/demux.qza \ --p-n-threads 1 \ --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 \ --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-len-r 0 \ --o-table dada2-table_biom.qza \ --o-representative-sequences dada2-repset-seqs.qza \ --o-denoising-stats denoising-stats.qza echo dada2 end date
### 方法2. 外部导入特征表和代表序列(常用) cd $workdir mkdir import_table cd import_table # 上传我们生成的OTU表otu_table.txt和代表序列rep_set.fa # 转换文本为Biom1.0，注意biom --version 2.1.5/8可以，2.1.7报错 qiime tools import --input-path $workdir/otu_table.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' --input-format BIOMV100Format \ --output-path table_biom.qza qiime tools import --input-path $workdir/otus.fa \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --output-path repset-seqs.qza
### 方法3. deblur feature table deblur只能输入合并好的序列， 速度比dada2快 #因此先做序列处理，去除引物，合并，过滤低质量等等 # Trim amplicon primers 去除引物序列 # 341f # 806r qiime cutadapt trim-paired \ --i-demultiplexed-sequences $workdir/1.import_data/demux.qza \ --p-cores 4 \ --p-no-indels \ --p-front-f CCTAYGGGRBGCASCAG \ --p-front-r GGACTACNNGGGTATCTAAT \ --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza # Summarise the reads 查看结果 qiime demux summarize \ --i-data primer-trimmed-demux.qza \ --o-visualization primer-trimmed-demux.qzv \ #双端合并 qiime vsearch join-pairs \ --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.qza \ --p-threads 4 \ --o-joined-sequences demux-joined.qza #查看合并结果 qiime demux summarize \ --i-data demux-joined.qza \ --o-visualization demux-joined.qzv #质控过滤数据 qiime quality-filter q-score \ --i-demux demux-joined.qza \ --o-filtered-sequences demux-joined-filtered.qza \ --o-filter-stats demux-joined-filter-stats.qza qiime metadata tabulate --m-input-file demux-joined-filter-stats.qza \ --o-visualization demux-joined-filter-stats.qzv #生产feature table 自带去除嵌合体 #deblur在denoising时需要输入整齐一样长度的序列，所以需要trim成相同的长度。这里需要用到前面join summary里我们记下来的join起来的质量有保障的序列大概有多长的数值。D#eblur的开发者们建议设置一个质量分数开始迅速下降的长度（recommend setting this value to a length where the median quality score begins to drop too low）。于#是本例中--p-trim-length为240。 qiime deblur denoise-16S \ --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \ --p-trim-length 240 \ --p-sample-stats \ --p-jobs-to-start 2 \ --p-min-reads 1 \ --o-representative-sequences rep-seqs.qza \ --o-table feature-table.qza \ --o-stats deblur-stats.qza #结果可视化 qiime feature-table summarize \ --i-table feature-table.qza \ --o-visualization feature-table.qzv qiime deblur visualize-stats \ --i-deblur-stats deblur-stats.qza \ --o-visualization deblur-stats.qzv
### 方法4. q2 vsearch otu echo vsearch start date cd $workdir mkdir vsearch cd vsearch qiime vsearch dereplicate-sequences \ --i-sequences $workdir/deblur/demux-joined-filtered.qza \ --o-dereplicated-table table.qza \ --o-dereplicated-sequences rep-seqs.qza echo vsearch denovo start date #denovo pick otu qiime vsearch cluster-features-de-novo \ --i-table table.qza \ --i-sequences rep-seqs.qza \ --p-perc-identity 0.99 \ --o-clustered-table table-dn-99.qza \ --o-clustered-sequences rep-seqs-dn-99.qza echo vsearch close start date #close reference qiime vsearch cluster-features-closed-reference \ --i-table table.qza \ --i-sequences rep-seqs.qza \ --i-reference-sequences 85_otus.qza \ --p-perc-identity 0.85 \ --o-clustered-table table-cr-85.qza \ --o-clustered-sequences rep-seqs-cr-85.qza \ --o-unmatched-sequences unmatched-cr-85.qza echo vsearch open start date #open referenced qiime vsearch cluster-features-open-reference \ --i-table table.qza \ --i-sequences rep-seqs.qza \ --i-reference-sequences 85_otus.qza \ --p-perc-identity 0.85 \ --o-clustered-table table-or-85.qza \ --o-clustered-sequences rep-seqs-or-85.qza \ --o-new-reference-sequences new-ref-seqs-or-85.qza echo vsearch open end date #denovo 去除嵌合体 qiime vsearch uchime-denovo \ --i-table atacama-table.qza \ --i-sequences atacama-rep-seqs.qza \ --output-dir uchime-dn-out ### 特征表和代表序列统计 qiime feature-table summarize \ --i-table table_biom.qza \ --o-visualization table.qzv \ --m-sample-metadata-file $fastmap qiime feature-table tabulate-seqs \ --i-data repset-seqs.qza \ --o-visualization rep-seqs.qzv # 下载qzv在线查看，dada2只有1千多个ASV
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