本文小编为大家详细介绍“如何利用qiime2对barcode信息拆分数据”，内容详细，步骤清晰，细节处理妥当，希望这篇“如何利用qiime2对barcode信息拆分数据”文章能帮助大家解决疑惑，下面跟着小编的思路慢慢深入，一起来学习新知识吧。
首先准备sample-metadata.tsv文件，样本的barcode 文件信息，这里以双端测序为例：
sample-id forward-barcodes reverse-barcodes Lin027 GATCTGCA CTACGATG Lin028 GATCTGCA GACATAGC Lin029 GATCTGCA GATCTGCA Lin032 GATCTGCA GCGTATGA Lin033 GATCTGCA GTATGCGA
准备测序数据，没有拆分的双端数据放到一个目录：muxed-pe-barcode-in-seq，分别命名为：forward.fastq.gz reverse.fastq.gz
数据导入：
qiime tools import --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence \ --input-path muxed-pe-barcode-in-seq \ --output-path multiplexed-seqs.qza
利用qiime cutadapt 插件拆分数据：
qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \ --m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \ --m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \ --o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza \ --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza
per_sample_sequences.qza 这个文件是拆分好的数据，并且已经去掉了barcode序列。
如果想去除引物可以使用：
qiime cutadapt trim-paired \ --i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \ --p-cores 4 \ --p-no-indels \ --p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \ --p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \ --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza
读到这里，这篇“如何利用qiime2对barcode信息拆分数据”文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注亿速云行业资讯频道。
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
