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vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。
输入数据,otutable:列表示不同的物种,行表示不同的采样点,中间的数字代表物种丰度:
require(vegan) otu <- read.table("otu_table.txt", header = T, sep = "\t",row.names=1) all <- specaccum(otu, method = "random") png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", ylab = "Number of species") boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+") dev.off()
最终的物种累计曲线中,横坐标是样本个数,纵坐标是发现的物种个数,随着样本个数的增加,发现的物种个数也不断增加;物种累计曲线反应的就是抽样个数对物种多样性的影响;如果曲线末端部分呈现 急剧上升的趋势,表明抽样量不足;增加样本量,还能继续发现新的物种;当曲线末端上升趋势趋于平缓时,则表明采样量足够。
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