小编给大家分享一下如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！
计算Kaks时批量提取多对基因的序列
基因家族分析中，在计算kaks时需要将每组串联重复基因序列提取出，然后分别进行多序列比对。
我们给大家提供的脚本只能一对一对的提取序列，那数量少还可以，可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提取串联重复基因序列的脚本，可以将每组串联重复基因序列提取到单独的文件中。
首先我们需要准备3个文件：
1.串联重复基因对文件。每一行是一对串联重复基因，中间用Tab键分割。
2.所有基因cds序列。
3.一个空的目录。
脚本运行命令如下：
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perl get_fa_by_id_kaks.pl WRKY.tandem ../data/Sspon.v20180123.cds.fa test/WRKY.tandem：串联重复基因对文件；
../data/Sspon.v20180123.cds.fa：所有基因cds序列文件；
test/：空目录。
get_fa_by_id_kaks.pl就是脚本了，其代码如下：
#email: huangls@biomics.com.cn
die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 );
use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
$in = Bio::SeqIO->new(
-file => "$ARGV[1]",
-format => 'Fasta'
);
my %gene;
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );
$gene{$id} = $seq;
}
open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";
my $n = 1;
while (<IN>) {
chomp;
next if /^#/;
my @a = split /\s+/;
my $out = Bio::SeqIO->new(
-file => ">$ARGV[2]/dup_gene_paired$n.fa",
-format => 'Fasta'
);
if ( exists $gene{$a[0]} ) {
my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $gene{$a[0]}->id, $gene{$a[0]}->seq, $gene{$a[0]}->desc );
my $newSeqobj = Bio::Seq->new(-seq => $sequence,
-id =>$id,
);
$out->write_seq($newSeqobj);
}
if ( exists $gene{$a[1]} ) {
my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $gene{$a[1]}->id, $gene{$a[1]}->seq, $gene{$a[1]}->desc );
my $newSeqobj = Bio::Seq->new(-seq => $sequence,
-desc => $desc,
-id =>$id,
);
$out->write_seq($newSeqobj);
}
$n++;
$out->close();
}
close(IN);
$in->close();看完了这篇文章，相信你对“如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列”有了一定的了解，如果想了解更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道，感谢各位的阅读！
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