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blastall中的文件格式有哪些

发布时间:2022-03-19 15:23:49 来源:亿速云 阅读:172 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍了blastall中的文件格式有哪些的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇blastall中的文件格式有哪些文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。

1、Query id:查询序列ID标识

2、Subject id:比对上的目标序列ID标识

3、% identity:序列比对的一致性百分比

4、alignment length:符合比对的比对区域的长度

5、mismatches:比对区域的错配数

6、gap openings:比对区域的gap数目

7、q. start:比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点

8、q. end:比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点

9、s. start:比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点

10、s. end:比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点

11、e-value:比对结果的期望值,解释是大概多少次随即比对才能出现一次这个score,Evalue越小,表明这种情况从概率上越不可能发生,那么发生了即说明这更有可能是真实的相似序列

12、bit score:比对结果的bit score值

一般情况我们看第3、11、12两列,e值越小越可靠。

blast对应的参数是 -m 8

blast+对应的参数是-outfmt 6

关于“blastall中的文件格式有哪些”这篇文章的内容就介绍到这里,感谢各位的阅读!相信大家对“blastall中的文件格式有哪些”知识都有一定的了解,大家如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

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