blastall的参数有哪些

本篇内容主要讲解“blastall的参数有哪些”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“blastall的参数有哪些”吧!

用blastall进行序列比对

blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。

• -p: 执行的程序名称

• -d: 搜索的数据库名称

• -i : 要查询的序列文件名(Query File)

• -e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。

• -o :查询结果输出文件名

• -m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。

• -I :在描述行中显示gi号[T/F]，缺省值F

• -v :单行描述（one-line description）的最大数目，缺省值500

• -b :显示的比对结果的最大数目，缺省值250

• -F :对于要查询的序列做低复杂度区域(low complexity regions, LCR)的过滤[T/F]，缺省值T。对blastn用的是DUST程序，其他比对用的是SEG程序。

• 所谓“低复杂度区域”是指某些或一些残基过多表现，短周期重复等。对于高等哺乳动物的基因组序列，可以先用RepeatMask程序遮蔽重复元件。在输出结果中，对LCR区的序列核酸用“N”代替，蛋白质序列用“X”代替。

• -a:运行BLAST程序所使用的处理器的数目，缺省值1

• -S:在数据库中搜索时所使用的核酸链（strand），只对blastn、blastx和tblastx有效；1表示top，2表示bottom，3表示both；缺省值3

• -T: 产生HTML格式的输出[T/F]，缺省值F

• -n: 使用MegaBlast搜索[T/F]，缺省值F

• -G: 打开一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0

• -E: 扩展一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0

• -q: 一个核酸碱基的错配(mismatch)的罚分（只对blastn有效），缺省值-3

• -r : 一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分（只对blastn有效），缺省值1

• -M: 所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM62

1.1.1.    参数说明

基本参数、比对优化参数、结果输出参数、控制输入参数

表：blastall命令的参数说明

1.1.2.    使用说明与示例

程序使用说明

  比对命令示例

#建库

makeblastdb -in HSP20_NCBI_pep.fasta -dbtype prot -title HSP20_NCBI_pep.fasta   #蛋白质序列

#blastp比对

blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp.out

到此，相信大家对“blastall的参数有哪些”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是亿速云网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！