小编给大家分享一下bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！
bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，代码示例：
die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3); use Math::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Data::Dumper; use PerlIO::gzip; open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!"; open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!"; $in = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI , -format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO , -format => 'Fasta');
另一种写法也是可以的：
use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Data::Dumper; use PerlIO::gzip; open FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!"; open FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!"; $in = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FI , -format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FO , -format => 'Fasta');
以上是“bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
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