这篇文章主要介绍“linux怎么处理fasta和fastq序列”的相关知识，小编通过实际案例向大家展示操作过程，操作方法简单快捷，实用性强，希望这篇“linux怎么处理fasta和fastq序列”文章能帮助大家解决问题。
（1）从一个文件a提取第10至20个序列存到另一个文件b：
awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta（2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中：
awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta（3）fastq转换成fasta序列
zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa（4）fastq统计条数
zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))
（5）fasta序列的数量
grep -c "^>" reads.fa
（6）某个短序列出现次数
> zgrep -c 'ATGATGATG' reads.fq.gz
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> zcat reads.fq.gz | awk '/ATGATGATG/ {nlines = nlines + 1} END {print nlines}'
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