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samtools过滤多重比对reads的命令如下：
samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam
其中参数：
-q 1：过滤掉比对质量小于1的reads；
-F 4：过滤掉没有比对上的reads；
-F 256：过滤掉比对上的多次的reads。
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