温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点

发布时间:2022-03-19 13:53:57 来源:亿速云 阅读:1153 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍“vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点”,在日常操作中,相信很多人在vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答”vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点”的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!

vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing

具体用法如下:

运行以下命令:

vcftools  --vcf snp.vcf  --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 > snp.new.vcf

--max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表不允许缺失,0代表允许全部缺失

最后,得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。

到此,关于“vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点”的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注亿速云网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI