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怎么用limma包进行芯片数据差异分析

发布时间:2022-03-19 13:52:46 来源:亿速云 阅读:420 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍了怎么用limma包进行芯片数据差异分析的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇怎么用limma包进行芯片数据差异分析文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。

利用limma 包进行芯片数据差异分析,需要按照分组信息构建分组矩阵,基于model.matrix函数完成,获得的分组矩阵结构类似下方显示结果:

> design
           A B
GSM1626001 1 0
GSM1626002 1 0
GSM1626003 1 0
GSM1626010 0 1
GSM1626011 0 1
GSM1626012 0 1
attr(,"assign")
[1] 1 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$`description`
[1] "contr.treatment"

其0 1表示有无,可以理解为A组存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三个样品,B组理解依然,整个矩阵描述了将要比较的两组样品情况,之后利用makeContrasts构建差异对比矩阵 以便继续进行后续分析

      Contrasts
Levels B - A
     A    -1
     B     1

表示开始进行B相对于A组的差异表达分析

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