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利用limma 包进行芯片数据差异分析,需要按照分组信息构建分组矩阵,基于model.matrix函数完成,获得的分组矩阵结构类似下方显示结果:
> design A B GSM1626001 1 0 GSM1626002 1 0 GSM1626003 1 0 GSM1626010 0 1 GSM1626011 0 1 GSM1626012 0 1 attr(,"assign") [1] 1 1 attr(,"contrasts") attr(,"contrasts")$`description` [1] "contr.treatment"
其0 1表示有无,可以理解为A组存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三个样品,B组理解依然,整个矩阵描述了将要比较的两组样品情况,之后利用makeContrasts构建差异对比矩阵 以便继续进行后续分析
Contrasts Levels B - A A -1 B 1
表示开始进行B相对于A组的差异表达分析
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