这篇文章主要为大家展示了“Pacbio三代全长转录组如何进行转录本与基因组的比对”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“Pacbio三代全长转录组如何进行转录本与基因组的比对”这篇文章吧。
Pacbio三代全长转录组进行数据分析，得到的转录本，可以同基因组进行比对（如果有基因组的话），比对的软件很多，推荐采用GMAP。
其使用方法如下：
gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-species --max-intronlength-ends 200000 -z sense_force hq.fastq > hq_isoforms.fasta.sam 2> hq_isoforms.fasta.sam.log
常用参数说明如下：
-D : 指定参考基因组的gmap 建库目录
-d : 指定gmap 建库中的名称
-f : 指定输出文件的格式
-n: 输出结果中允许path 最多的数目
-t : 线程数量
--cross-species：以更加灵敏的算法进行可剪切比对，特别适合在物种间比对
--max-intronlength-ends： 第一个和最后一个内含子的最大间距
-z： 指定转录本的方向
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