在Linux系统中编写安全的PHP命令脚本需要遵循一些最佳实践，以确保脚本在执行时不会受到攻击。以下是一些建议：
避免使用shell_exec()和exec()函数：这两个函数允许执行外部命令，但可能会导致安全漏洞。如果必须使用这些函数，请确保对输入进行严格的验证和过滤。
使用参数化查询：当从用户那里获取数据并执行SQL查询时，使用参数化查询可以防止SQL注入攻击。在PHP中，可以使用PDO或MySQLi扩展来实现参数化查询。
验证和过滤用户输入：始终验证和过滤用户输入，以防止跨站脚本（XSS）和SQL注入等攻击。使用PHP内置的过滤函数，如filter_var()，以确保输入符合预期的格式。
使用安全的文件权限：确保PHP脚本和它访问的文件具有适当的权限。通常，文件权限应设置为644（所有者可读写，组和其他用户只读），目录权限应设置为755（所有者可读写执行，组和其他用户只读执行）。
避免使用不安全的函数：避免使用eval()、system()、passthru()等不安全的函数，因为它们可能会导致代码注入攻击。
使用CSP（内容安全策略）：CSP是一种安全特性，可以防止跨站脚本（XSS）和其他代码注入攻击。在PHP中，可以通过设置HTTP响应头Content-Security-Policy来实施CSP。
使用安全的编码：确保PHP脚本使用安全的字符编码（如UTF-8），以防止字符编码攻击。
更新软件和依赖库：定期更新PHP、Web服务器和其他相关软件，以确保已应用最新的安全补丁。
使用最小权限原则：为PHP脚本分配尽可能低的权限，以减少潜在的安全风险。例如，如果脚本只需要读取文件，请确保它没有写入权限。
日志和监控：记录和监控PHP脚本的执行情况，以便在出现问题时迅速发现并解决。可以使用日志记录工具和监控服务来实现这一目标。
遵循这些建议，可以帮助您在Linux系统中编写安全的PHP命令脚本。
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