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实现读取nii或nii.gz文件中的信息并输出图像的方法

发布时间:2020-07-01 16:04:41 来源:亿速云 阅读:1840 作者:清晨 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍实现读取nii或nii.gz文件中的信息并输出图像的方法,文中示例代码介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!

读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像。

import matplotlib
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
file = '' #你的nii或者nii.gz文件路径
img = nib.load(file) 
 
print(img)
print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件
width, height, queue = img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
 
num = 1
for i in range(0, queue, 10):
 img_arr = img.dataobj[:,:,i]
 plt.subplot(5,4,num)
 plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
 num += 1
 
plt.show()

补充知识:SimpleITK读取医学图像 .nii 数据(2D显示)

【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK

nii文件是NIFTI格式的文件,出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format,但是这个图像格式缺少一些信息,比如没有方向信息,病人的左右方位等,如果需要包括额外的信息,就需要一个额外的文件,比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。

因此,解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式

import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io

def read_img(path):
 img = sitk.ReadImage(path)
 data = sitk.GetArrayFromImage(img)
 return data
#显示一个系列图
def show_img(data):
 for i in range(data.shape[0]):
  io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
  print(i)
  io.show()
 
#单张显示
def show_img(ori_img):
 io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray')
 io.show()

#window下的文件夹路径 
path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'
data = read_img(path)
show_img(data)

实现读取nii或nii.gz文件中的信息并输出图像的方法

img = sitk.ReadImage(path)
#查看图片深度
print(img.GetDepth())
#144 共144张图
#查看Size
print(img.GetSize())
#(512,512,144) 像素:512*512, 144张图片

更多的函数自己去发现

实现读取nii或nii.gz文件中的信息并输出图像的方法

以上是实现读取nii或nii.gz文件中的信息并输出图像的方法的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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