比BLAST快的多的蛋白序列比对工具RAPSearch2是怎样的,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
下面介绍一个软件,2012年发表在Bioinformatics上,目前引用接近300次。
我是在一篇数据库文献里看到了这个工具。
BLAST是非常经典的比对算法,后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍,但是对于非常相似的序列比对,结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比对的工具,速度比BLAST快~20-90倍。但是内存占用比较大。RAPSearch结果丢失的比例<5%。
作者再次基础上又推出了RAPSearch3,内存占用较小,且速度比之前又快了2~3倍。单线程运算需要2G内存,4线程运算需要3.5G内存。
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