如何理解R语言做网络图的分析

发布时间：2021-11-22 14:49:01 阅读：634 作者：柒染栏目：大数据

开发者测试专用服务器限时活动，0元免费领，库存有限，领完即止！点击查看>>

如何理解R语言做网络图的分析，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。

使用R语言包ggraph做网络图需要准备的最基本的数据是：

1、一个包括一列数据的数据框，每一行是各个节点的名称

2、一个包含两列数据的数据框，每一行代表节点节点之间的连线

比如一个有四个节点的网络，每个节点是A,B,C,D。两两节点互相连接。数据的样子：

> nodes<-data.frame(node=c("A","B","C","D"))> edges<-data.frame(node1=c("A","A","A","B","B","C"),+                   node2=c("B","C","D","C","D","D"))> nodes  node1    A2    B3    C4    D> edges  node1 node21     A     B2     A     C3     A     D4     B     C5     B     D6     C     D>

接下来对这个网络进行可视化

library(ggraph)library(igraph)net<-graph_from_data_frame(d=edges,vertices = nodes,directed = F)ggraph(net)+  geom_edge_link()+  geom_node_point()

接下来我想给节点分组，不同组节点填充不同的颜色；按照自己的数值给节点大小；每条连线也可以分配粗细和颜色。这些信息都可以在构造数据的时候添加进去。

给节点添加一列分组信息，给每个节点一个数值，用来映射节点大小。

nodes$Group<-c("group_1","group_1","group_2","group_2")nodes$Size<-c(5,15,10,18)nodes$Name<-nodes$node

给每条边添加颜色和粗细的映射数值

edges$color<-sample(seq(0,1,by=0.01),6)edges$width<-sample(1:100,6)

基本图形如下

net<-graph_from_data_frame(d=edges,vertices = nodes,directed = F)ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))

接下来设置一下细节美化

边的渐变色深蓝到浅蓝不太好看，换！加上语句

scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")

ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))+  scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")

如何理解R语言做网络图的分析每个节点的点太小了，增大！加上语句

scale_size_area(max_size = 30)

ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))+  scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")+  scale_size_area(max_size = 30)

如何理解R语言做网络图的分析点的图例太大了，占了其他图例的位置，不要他了！加上语句

guides(size=F)

ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))+  scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")+  scale_size_area(max_size = 30)+  guides(size=F)

这里遇到一个问题是：有没有办法改变图例中点的大小呢？

新学到的：还可以改变图例的前后顺序，添加语句

guides(color=guide_legend(order=3))

ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))+  scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")+  scale_size_area(max_size = 30)+  guides(size=F)+  guides(color=guide_legend(order=3))

如何理解R语言做网络图的分析虽然点大小的图例删掉了，但是他应该还是站着位置呢！如果想要把颜色图例设置为最后可能得把order设置为4。

有的节点超出了绘图边界，可以通过修改x和y轴的范围来调整，加上命令

theme_bw()就可以显示出坐标轴的范围

ggraph(net)+  geom_edge_link(aes(edge_width=width,edge_color=color))+  geom_node_point(aes(size=Size,color=Group))+  geom_node_text(aes(label=Name))+  scale_edge_color_continuous(low = "cyan",high = "red")+  scale_size_area(max_size = 30)+  guides(size=F)+  guides(color=guide_legend(order=3))+  theme_bw()+  xlim(-0.8,0.8)+ylim(-0.8,0.8)