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circos images怎么使用

发布时间:2021-12-18 15:06:08 来源:亿速云 阅读:109 作者:iii 栏目:大数据

这篇文章主要讲解了“circos images怎么使用”,文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习“circos images怎么使用”吧!

image这个block是circos内置的block之一,其配置文件为软件安装目录下的etc/image.conf。内容为

circos images怎么使用

默认的image的配置由两个文件决定

  1. image.generic.conf

  2. background.white.conf

image.generic.conf文件内容如下

circos images怎么使用

包含以下几个属性

  1. dir
    dir指定生成的图片的目录,.代表当前目录

  2. file
    file指定生成的图片的名字,默认为circos.png

  3. png
    png指定生成的图片的格式,yes代表生成png格式的图片

  4. svg
    svg指定生成的图片的格式,yes代表生成svg格式的图片

  5. radius
    radius指定图片半径的大小,由于circos是圆形布局,所以用圆的半径来控制图片大小,生成的图片是正方形的,边长为2 * radius

  6. angle_offset
    angle_offset指定起始染色体的偏移角度,默认起始的角度为0度,对应表盘上3点钟位置,angle_offset = -90 , 第一条染色体位于表盘上12点钟位置,

  7. auto_alpha_colors
    auto_alpha_colors代笔对颜色添加透明度,在原来RGB颜色的基础上,添加一个alpha透明度属性,

  8. auto_alpha_step
    auto_alpha_step指定透明度的大小,取值范围0-100, 默认值为5

background.white.conf文件只有一行内容

background = white

指定生成的图片的背景色,可以看到这里为白色,所以默认生成的图片背景色都为白色。

在使用时,我们通常只调用系统内置的image的配置文件就可以了,写法如下

circos images怎么使用

此时image的相关配置就是系统默认配置,当我们想要改变其中某项默认配置时,比如修改背景色为黑色,需要使用*操作符,示例如下

circos images怎么使用

在想要修改的参数后面添加*, 然后重新赋值即可。

对于background, 有两点需要注意

1.背景色可以设置成透明

写法如下

background = transparent

2.背景除了可以是颜色之外,也可以是另外一幅图

写法如下:

background = background.png

要求背景图片的格式必须为png,而且大小必须和输出图片的大小完全一致。

最后看一个更换背景色的例子

circos images怎么使用

感谢各位的阅读,以上就是“circos images怎么使用”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对circos images怎么使用这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

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