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LeafcircBase数据库怎么用

发布时间:2022-01-17 10:12:33 来源:亿速云 阅读:156 作者:小新 栏目:大数据

这篇文章主要介绍LeafcircBase数据库怎么用,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!

LeafcircBase收录了以下5种植物模式生物的环状RNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Glycine max

  3. Oryza sativa

  4. Triticum aestivum

  5. Zea mays


采用以下两款软件来预测环状RNA

  1. find_circ

  2. circRNA_finder


通过官网的Browse菜单,可以浏览不同物种对应的环状RNA数据

LeafcircBase数据库怎么用

以拟南芥为例,结果示意如下

LeafcircBase数据库怎么用

点击来源基因的名称,可以跳转到对应的数据库。点击右上角的Download按钮,可以下载所有结果,点击Datails可以查看环状RNA的详细信息,示意如下

LeafcircBase数据库怎么用

可以看到对应的软件。如果在其他物种中存在同源,还会列出同源环状RNA的信息,示意如下

LeafcircBase数据库怎么用

通过该数据库,不仅可以查看植物中环状RNA的信息,还可以查看在不同物种间的同源性。

该数据库中的结果是可以下载的,在下载的excel文件中,还可以看到每个环状RNA对应的样本在SRA数据库中的编号。

以上是“LeafcircBase数据库怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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