这篇文章主要为大家展示了“FANTOM5数据库怎么用”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“FANTOM5数据库怎么用”这篇文章吧。
FANTOM全称如下
Function Annotation Of The Mammalian Genome
是一项国际性的研究项目,创建于2000年,最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展,研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。
在该项目的第三个阶段,采用了CAGE-seq这一技术手段来准确研究不同转录本的转录起始位点TSS
, 示意如下
CAGE
技术可以区分不同转录本异构体的起始位点。建立在准确的TSS
位点的基础上,进一步对启动子,增强子等转录调控区域进行研究和分析。
除了常规的蛋白编码基因和转录调控外,该项目还在lncRNA, miRNA等非编码RNA,即ncRNA领域进行了研究。相关结果和数据面向全世界开放的,可以在官网下载得到。
今天要介绍的是从该项目中得到的增强子数据,网址如下
http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/
通过Human Enhancer Selector
. 可以对增强子数据进行检索,如下所示
检索结果分成了两个部分,在页面左侧可以看到增强子的基因组位置,可以下载BED
和FASTA
格式的文件,也可以查询对应的motif分析结果,示意如下
在页面右侧,给出了增强子的表达水平,分成了以下3个层次
cell
organ
sample
对应不同细胞,器官,样本中的表达水平,以细胞水平的表达情况为例,示意如下
通过View Overlaps
菜单,可以查看增强子相关的启动子区域以及在该增强子区域内的SNP位点,示意如下
通过以上网址,可以对增强子进行在线查找和分析。对于所有增强子的信息,可以通过以下链接进行下载
提供了BED
格式的区间文件供下载。
以上是“FANTOM5数据库怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!
免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。