这篇文章主要介绍ONGene数据库有什么用，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！
OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因
数据库网址如下
http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html
数据库构建的pipeline如下图所示
首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索
oncogene
oncogenic
oncoprotein
proto-oncogene
得到候选的17033篇文献，然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索，得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。
对以上得到的文献进行人工核对，最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因，并对这些基因进行了以下几种数据分析
功能注释，提供了基因名称，参与的通路，相关疾病等注释信息
差异分析，利用TCGA中的表达谱数据，进行肿瘤和正常样本的差异分析
与lncRNA的共表达分析，利用MiTranscriptome数据库中的表达谱数据，分析肿瘤基因与lncRNA之间的共表达
突变信息注释，利用TCGA中的mutation信息进行注释
通过首页的browser菜单，可以浏览肿瘤基因的相关信息，以蛋白编码基因MYC为例，包含以下几个部分的结果
包含了基因名称，染色体位置，对应的pathway与疾病，序列等信息，示意如下
展示了该基因相关的文献和摘要信息，示意如下
展示该基因在样本中的表达量信息，示意如下
展示与该基因存在共表达的lncRNA信息，示意如下
展示该基因上存在的mutation信息，示意如下
展示其他物种中该基因的同源基因信息，示意如下
该数据库中的信息是可以免费下载的，链接如下
http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html
对于肿瘤研究而言，该数据库非常值得参考，可以帮助我们快速的筛选候选的肿瘤基因。
以上是“ONGene数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！希望分享的内容对大家有帮助，更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
