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vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools实例分析

发布时间:2022-01-20 13:49:12 来源:亿速云 阅读:650 作者:柒染 栏目:开发技术

今天给大家介绍一下vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools实例分析。文章的内容小编觉得不错,现在给大家分享一下,觉得有需要的朋友可以了解一下,希望对大家有所帮助,下面跟着小编的思路一起来阅读吧。

vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

1.vcf文件annovar注释:

table_annovar.pl  154.raw.somatic.vcf.gz   humandb/hg38/ -buildver hg38 -out  154 -remove -protocol \
 refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsElements100way,genomicSuperDups -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput

2. 提取必要的信息

 for i in *.hg38_multianno.txt
  do
      sample=`echo $i|awk -F '.' '{print $2}'`
      cut -f '1-10' $i|sed '1d'|sed "s/$/\t${sample}/">>all_sample.txt
  done
  
  sed -i '1s/^/Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tFunc.refGene\tGene.refGene\tGeneDetail.refGene\tExonicFunc.refGene\tAAChange.refGene\tTumor_Sample_Barcode\n/' all_sample.txt

3. 读入数据,利用maftools绘图

library(maftools)
  var_maf= annovarToMaf(annovar = "all_sample.txt", 
                              Center = 'NA', 
                              refBuild = 'hg38', 
                              tsbCol = 'Tumor_Sample_Barcode', 
                              table = 'refGene',MAFobj =T,
                              sep = "\t")

  plotmafSummary(maf = var_maf, rmOutlier = TRUE, addStat = 'median')
oncoplot(maf = var_maf, top = 30, fontSize = 12 ,showTumorSampleBarcodes = F )

以上就是vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools实例分析的全部内容了,更多与vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools实例分析相关的内容可以搜索亿速云之前的文章或者浏览下面的文章进行学习哈!相信小编会给大家增添更多知识,希望大家能够支持一下亿速云!

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