这篇文章主要介绍“R语言的enrichGSEA_pip.r怎么用”，在日常操作中，相信很多人在R语言的enrichGSEA_pip.r怎么用问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”R语言的enrichGSEA_pip.r怎么用”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！
enrichGSEA_pip.R GSEA富集分析
$Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g gmtfile [-p pvalueCutoff] [-t pvalueCutoff] [-n prefix] [-o outdir] [-H height] [-W width] GSEA enrich analysis :https://www.亿速云.com/article/1504 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file all diff express gene list file,must include log2FC column, required -g gmtfile, --gmtfile gmtfile GSEA gmtfile function class file, required -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff pvalue cutoff on enrichment tests to report, [optional, default: 0.1 ] -t top, --top top top NES for barplot [optional, default:10 ] -n prefix, --prefix prefix the output file prefix [optional, default: GSEA ] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 5] -W width, --width width the width of pic inches [default 5]
-a 输入差异基因分析所以的结果； 必须含有log2FC这列差异倍数信息，用于GSEA排序；
-g 指定 gmt文件 基因集： 更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb
#更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb wget -c https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.4/c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r --all.deg.file $workdir/04.deg/S1_vs_S2.all.tsv \ --gmtfile c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt -o GSEA -n S1_vs_S2_KEGG -p 0.05
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