今天小编给大家分享一下R语言的immune_compare_stat.r如何使用的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。
immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较
使用说明：
计算
安全
数据库
网络和加速
企业服务
$ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -h
usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v
celltype
[celltype ...] -m
filepath -g group
[-b groupby]
[-o path]
[-n prefix]
t.test annova and wilcox.test: https://www.亿速云.com/article/1496
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i filepath, --input filepath
input alpha diversity celltype file[required]
-v celltype [celltype ...], --celltype celltype [celltype ...]
which celltype to compare : "B cell" ...[required]
-m filepath, --metadata filepath
input metadata file path[required]
-g group, --group group
group name from metadata to test[required]
-b groupby, --groupby groupby
main group name from metadata to test [default NULL]
-o path, --outdir path
output file directory [default cwd]
-n prefix, --name prefix
out file name prefix [default demo]使用示例：
Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -i immu/ssgsea.res.tsv \
-m metadata.group.tsv -g subtype.hclust \
--celltype "B cells" "T cells" -o immu -n ssgse以上就是“R语言的immune_compare_stat.r如何使用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。
亿速云「云服务器」，即开即用、新一代英特尔至强铂金CPU、三副本存储NVMe SSD云盘，价格低至29元/月。点击查看>>
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
