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1.获得基因组的各染色体的长度信息
$ samtools faidx genome.fa #生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度 chr01 44488843 7 44488843 44488844 chr02 38522657 44488858 38522657 38522658 chr03 34302425 83011523 34302425 34302426 chr04 31904921 117313956 31904921 31904922 chr05 31465669 149218885 31465669 31465670 chr06 29481096 180684562 29481096 29481097 chr07 26142479 210165666 26142479 26142480 chr08 23295356 236308153 23295356 23295357 chr09 21309744 259603517 21309744 21309745 chr10 20413421 280913269 20413421 20413422
2.根据染色体的长度产出区域文件：
$ bedtools makewindows -g genome.fa.fai -w 100000 >region.bed $ head region.bed chr01 0 100000 chr01 100000 200000 chr01 200000 300000 chr01 300000 400000 chr01 400000 500000
3.输入vcf文件统计不同区域里面变异个数
$ bedtools coverage -a region.bed -b q4.vcf -counts >result.txt
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