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samtools过滤多重比对reads的方法

发布时间:2022-03-05 14:59:37 来源:亿速云 阅读:1131 作者:iii 栏目:开发技术

这篇“samtools过滤多重比对reads的方法”文章的知识点大部分人都不太理解,所以小编给大家总结了以下内容,内容详细,步骤清晰,具有一定的借鉴价值,希望大家阅读完这篇文章能有所收获,下面我们一起来看看这篇“samtools过滤多重比对reads的方法”文章吧。

samtools过滤多重比对reads的命令如下:

samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam

其中参数:

-q 1:过滤掉比对质量小于1的reads;

-F 4:过滤掉没有比对上的reads;

-F 256:过滤掉比对上的多次的reads。

以上就是关于“samtools过滤多重比对reads的方法”这篇文章的内容,相信大家都有了一定的了解,希望小编分享的内容对大家有帮助,若想了解更多相关的知识内容,请关注亿速云行业资讯频道。

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