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samtools过滤多重比对reads的命令如下:
samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam
其中参数:
-q 1:过滤掉比对质量小于1的reads;
-F 4:过滤掉没有比对上的reads;
-F 256:过滤掉比对上的多次的reads。
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