这篇文章主要介绍“怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据”的相关知识，小编通过实际案例向大家展示操作过程，操作方法简单快捷，实用性强，希望这篇“怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据”文章能帮助大家解决问题。
代码：
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# 筛选primary_site对应的癌症样本
library(GenomicDataCommons)
resp = cases() %>% filter(~ project.project_id=='TCGA-HNSC' &
primary_site =='Larynx') %>%
GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>%
response_all()
resp %>% count()
case_name <- resp$results$submitter_id
# 之后对下载的samplesDown 进行过滤,获得需要下载的sample_download
download_name = substr(samplesDown,1,12)
sample_download <- samplesDown[download_name %in% case_name]有了sample_download ，就可以采用TCGAbiolinks进行下载了。
把要下载的数据筛选出来之后重新得到query，添加barcode选项指定下载想要的数据：
query <- GDCquery(project = project,
data.category = data_category,
data.type = data_type,
workflow.type = workflow_type,
barcode = sample_download,
# sample.type = sample_type,
legacy = legacy)关于“怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识，可以关注亿速云行业资讯频道，小编每天都会为大家更新不同的知识点。
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