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如何下载miRNA的5p, 3p 表达量

发布时间:2022-03-19 13:55:24 来源:亿速云 阅读:132 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍“如何下载miRNA的5p, 3p 表达量”,在日常操作中,相信很多人在如何下载miRNA的5p, 3p 表达量问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答”如何下载miRNA的5p, 3p 表达量”的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!

参考如下的代码:

# 设置下载的参数
project <- "TCGA-CHOL"
data_category <- "Transcriptome Profiling"
data_type <- "Isoform Expression Quantification"
workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling"
legacy <- FALSE

# 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次
query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  legacy = legacy)

# 下载数据
GDCdownload(query = query,method='client')

其关键是设置data_type 为“Isoform Expression Quantification”, 这样就是不同isoform 的表达量。

到此,关于“如何下载miRNA的5p, 3p 表达量”的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注亿速云网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!

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