这篇“双通道芯片MA和density怎么处理”文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，下面我们一起来看看这篇“双通道芯片MA和density怎么处理”文章吧。
limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。
而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。
一般双色芯片RGList需要经过背景校正（backgroundCorrect）、芯片内标准化（normalizeWithinArrays）、芯片间标准化（normalizeBetweenArrays），最终获得标准化后的MAList。
查看每一步的数据分布情况可以基于limma提供的plotMA绘制MA图，或者plotDensities查看密度图
以GSE121505数据为例，正常读取后获得RGList，查看array1的MA图以及密度图：
plotMA(RGList,array = 1)
plotDensities(RGList[,1])
以及完成所有校正后的MAList
plotMA(MAList,array = 1)
plotDensities(MAList[,1])
注意：由RGList，到完成所有校正过程，中间生成的object，都可以按照此方法查看每一步处理的变化
以上就是关于“双通道芯片MA和density怎么处理”这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注亿速云行业资讯频道。
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
