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Illumina microarray未标准化数据分布的方法

发布时间:2022-03-19 13:44:46 来源:亿速云 阅读:205 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍了Illumina microarray未标准化数据分布的方法的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇Illumina microarray未标准化数据分布的方法文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图,Illumina microarray数据分布是基于lumi包:

boxplot-method

density-method(或者hist)

affy包也可以利用boxplot,不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程(GSE63229):

基于lumiR.batch获取LumiBatch对象,直接基于对象画图:

> n.sample = length(LumiBatch$sampleID)> cols=rainbow(n.sample)> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> boxplot(LumiBatch,col = cols,  las = 2)

密度图则是(hist同样效果):

> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> density(LumiBatch,col = cols,  las = 2)

关于“Illumina microarray未标准化数据分布的方法”这篇文章的内容就介绍到这里,感谢各位的阅读!相信大家对“Illumina microarray未标准化数据分布的方法”知识都有一定的了解,大家如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

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