R语言中如何进行GO注释和富集分析，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
GO注释和富集分析使用TBtools完成
小编使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是
rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18
做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls
根据GOplot包的示例数据挑选出其中的5列
计算
安全
数据库
网络和加速
企业服务
Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method)作为数据集1
数据集2包括
ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B数据集2的列变量应该都是转录组数据分析的结果
比如logFC应该是倍数变化Fold change 然后取log
AveExpr应该是平均表达量等
然后模仿帮助文档的例子构造数据集
help(package="GOplot")library(GOplot)data(EC)file1<-file.choose()file2<-file.choose()df1<-read.table(file1,sep="\t",header=T)df2<-read.csv(file2,header=T)colnames(df1)<-colnames(EC$david)df<-circle_dat(df1,df2)dim(df)df气泡图
GOBubble(df)
加一些参数的气泡图
GOBubble(df,table.legend = F,table.col = T,ID=T, display = "multiple")+ scale_x_continuous(limits=c(0,5))+ scale_y_continuous(limits = c(0,10))
弦图
pdf("chordpra.pdf",height=15,width = 15)chord<-chord_dat(df,sample(df$genes,6),sample(df$term,8))GOChord(chord)dev.off()
现在基本可以根据自己的数据来构造GOplot的输入文件
关于R语言中如何进行GO注释和富集分析问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注亿速云行业资讯频道了解更多相关知识。
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