R语言shiny如何实现简单的GO富集分析

library(shiny)ui<-navbarPage("Pomegranate",               tabPanel("Gene Ontology",                        sidebarLayout(sidebarPanel(width=2,                                                   textAreaInput("text_area_list",                                                                 label = "Please input protein id, one per line",                                                                 height = "200px",                                                                 width="180px",                                                                 value="Pg00001\nPg00002"),                                      selectInput("id_type",label = "Input gene-id Type",                                                  selected = "ensembl",                                                  choices = c('ensembl','refseq','entrezid')),                                      helpText("Please"),                                      numericInput('pval_cutoff',label="pvalue-Cutoff",                                                   value = 1,min=0.001,max=1,step=0.001),                                      numericInput("qval_cutoff",label="qvalue-Cutoff",                                                   value=1,min=0.001,max=1,step=0.001),                                      actionButton('submit',label = 'Submit',                                                   icon=icon('angle-double-right')),                                      tags$hr()),                                      mainPanel(helpText("ABC"),                                                downloadButton('download_plot',label = "Download results plot"),                                                downloadButton('download_table',label="Download result table"),                                                textOutput("gene_number_info"),                                                tags$br(),                                                tags$br(),                                                tabsetPanel(                                                  tabPanel("Biological Process",DT::dataTableOutput(outputId="table_go_bp")),                                                  tabPanel("Cellular Component",DT::dataTableOutput(outputId = "table_go_cc")),                                                  tabPanel("Molecular Functions",DT::dataTableOutput(outputId = 'table_go_mf')),                                                  tabPanel("dotplot",plotOutput('dot_plot_go'))                                                )))))server<-function(input,output){  observeEvent(input$submit,{    withProgress(message = 'Steps:',value=0,{      incProgress(1/7,detail = "A")      text_area_input<-input$text_area_list      print(text_area_input)      df<-as.data.frame(matrix(unlist(stringr::str_split(text_area_input,"\n")),ncol=1))      colnames(df)<-"protein_id"      print(dim(df))      input_gene_number<-dim(df)[1]      output$gene_number_info<-renderText({        paste("Done!","Total Number of Input genes:",input_gene_number,sep="\n")      })      incProgress(2/7,detail = "B")      library(clusterProfiler)      enrichGO_res<-enrichGO(gene=df$protein_id,                             OrgDb = 'org.Hs.eg.db',                             ont="all",                             pvalueCutoff = input$pval_cutoff,                             qvalueCutoff = input$qval_cutoff)      go_enricher_res<-enrichGO_res@result      go_bp<-go_enricher_res[go_enricher_res$ONTOLOGY == "BP",]      output$table_go_bp<-DT::renderDataTable({        go_bp      })      incProgress(3/7,detail="plot")      output$dot_plot_go<-renderPlot({        p1<-dotplot(enrichGO_res)        print(p1)      })      incProgress(4/7,detail = "OK")      go_plot_download<-reactive({        dotplot(enrichGO_res)      }      )      output$download_plot<-downloadHandler(        filename = function(){          paste("go_dot_plot.png",sep='')        },        content = function(file){          ggplot2::ggsave(file,plot=go_plot_download(),device = 'png',width=12,height = 10)        }      )      output$download_table<-downloadHandler(        filename = function(){          paste0("ABC.zip")        },        content = function(file){          fs<-c('go_results.tsv')          write.table(go_enricher_res,file="go_results.tsv",sep="\t",row.names = F)          zip(zipfile = file,files=fs)        },        contentType = "application/zip"      )    })  })  }shinyApp(ui,server)

4312831810874551435538899162802305949310623868460598339133627910403868559771532339762787973325926613813627270746241551659787736811065553559582220134558725120336698346122974104601056347516373814079019820106351844428327299