这篇文章将为大家详细讲解有关HiCPlotter工具有什么用，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
HiCPlotter是一款命令行工具，用来展示Hi-C的交互矩阵。除了基本的用热图展示交互矩阵外，还支持添加基因结构，chip_seq等二维数据的注释信息，网址如下
https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter
对于交互矩阵，支持多种格式
Hi-C交互矩阵以bin为单位，每行和每列都代表一个bin, 对应单元格的数值反映两个bin之间相互作用的频率。通用格式如下所示
Bin1 Bin2 Bin3 Bin4 Bin5 Bin67.85957 4.80329 11.4766 9.57416 4.5288 8.550228.61621 4.98956 2.35654 5.69483 11.1187 10.13224.06803 4.07801 7.98047 2.59144 6.3851 7.743064.52869 2.70624 8.94544 4.29185 8.29491 8.38257
#开头的行以及第一行都被当做是注释信息，会被忽略掉。
HiC-Pro为了解决传统的交互矩阵太大的问题，专门制定了一种新的格式，如下所示
计算
安全
数据库
网络和加速
企业服务
1050 1586 11050 1589 11050 1590 1 (jumps to 1612)1050 1612 2共三列，前两列对应bin的编号，第三列的数字代表两个bin之间交互作用的频率，不存在相互作用的bin就不会记录在该文件之中。除了这个文件，还需要下列文件
chr1 20960000 20980000 1049chr1 20980000 21000000 1050chr1 21000000 21020000 1051chr1 21020000 21040000 1052chr1 21040000 21060000 1053chr1 21060000 21080000 1054chr1 21080000 21100000 1055给出了每个bin编号对应的染色质位置，通过这两个文件就可以完整描述描述染色质交互信息了。
软件的基本用法如下
python 、\HiCPlotter.py \-f matrix.txt \-n hES \-chr chr21 \-r 40000 \-o default1 \-f参数指定输入的Hi-C交互矩阵，-n指定交互矩阵热图的标题名称，-chr指定要画的染色质的名称，-r指定对应的分辨率，-o指定输出文件的前缀, 结果示意如下
对于HiC-Pro的输出格式，用法如下
python \HiCPlotter.py \-f matrix.txt \-tri 1 \-bed bin.bed \-chr chr7 \-o Example \-r 40000 \-n hES-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式，-bed指定bin编号对应的染色质位置文件，其他参数和基本用法相同。
该软件支持同时可视化多个交互矩阵，用法如下
python \HiCPlotter.py \-f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \-n name1 name2 name3 \-chr chr6 \-r 40000 \-o example对应的-f和-n参数为空格分隔的多个参数，结果示意如下
除了上述基本用法，还可以添加注释信息，比如基因结构，对应chip_seq数据等，结果示意如下
此时需要输入各种注释信息对应的文件，对于不同的注释信息，要求的格式不同，更多的细节请参考官方文档。
关于“HiCPlotter工具有什么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。
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