R语言的univariate_cox.r怎么使用

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单因素cox回归分析

使用方法：

指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据

$Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r
       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize]
       [-o outdir] [-p prefix]

unvariate cox regression

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name must 0 or 1 code format
                        [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -b blocksize, --blocksize blocksize
                        Number of variables Parallel to test in each [default
                        2]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

使用举例：

Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -i nomogram_metadata.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v gender  riskScore age_at_index    ajcc_pathologic_stage \
  -o univariate_cox \
  -p  univariate_cox

参数说明：

-i 输入生存数据与临床数据 

结果展示：

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