R语言的geo_gene_exp_download.r GEO怎么使用

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geo_download.r GEO数据下载

使用方法:

$Rscript /share/work/huangls/piplines/亿速云/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -h
usage: /share/work/huangls/piplines/亿速云/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r
       [-h] -g gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x]
       [--log2] [-o outdir] [-H height] [-W width]
download GEO data ; https://www.亿速云.com/article/1492
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gse, --gse gse     GEO Series Accession [required]
  -f func, --func func  dup gene name expression select func: mean max median
                        [default max]
  -p palette, --palette palette
                        A palette name from RColorbrewer [default Accent]
  -G gpl, --gpl gpl     GPL file for annotation [default None]
  -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol
                        Gene Symbol column name [default Gene Symbol]
  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]
  --log2                whether do log2 normalize [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default /share/nas1/huangls/pro
                        ject/zx-20210914-383-gwas_cfdr/gene_exp]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 8]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 10]

使用举例：

Rscript /share/work/huangls/piplines/亿速云/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -g GSE7429
Rscript /share/work/huangls/piplines/亿速云/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE43488 -G GPL13667-15572.txt

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